Budowa Jagiellońskiej Biblioteki Cyfrowej została dofinansowana przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko na lata 2007–2013, Priorytet XI. „Kultura i Dziedzictwo Kulturowe” Działanie 11.1. „Ochrona i zachowanie dziedzictwa kulturowego o znaczeniu ponadregionalnym”.