Historia Jagiellońskiej Biblioteki Cyfrowej (JBC) - platformy do udostępniania zbiorów cyfrowych Biblioteki Jagiellońskiej rozpoczęła się w 2010 roku. Realizację tego przedsięwzięcia umożliwiło otrzymanie dofinansowania ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko na lata 2007-2013, Priorytet XI „Kultura i dziedzictwo kulturowe”, Działanie 11.1 „Ochrona i zachowanie dziedzictwa kulturowego o znaczeniu ponadregionalnym”. Projekt pt. „Jagiellońska Biblioteka Cyfrowa” realizowany był w latach 2010-2013.
W ramach projektu zdigitalizowano i udostępniono 1222 woluminy czasopism. Wyselekcjonowano te tytuły, które były najbardziej zniszczone, a jednocześnie najchętniej czytane (m.in. 235 woluminów „Gazety Lwowskiej” z lat 1811–1939, „Sprawozdania Stenograficzne Sejmu Galicyjskiego” z lat 1861-1918, 225 woluminów) oraz 215 tytułów czasopism będących jedynymi egzemplarzami w kraju. Ponadto projektem objęto 1644 woluminów książek i jednostek zbiorów specjalnych (rękopisów, starych druków, zbiorów muzycznych, zbiorów graficznych i kartograficznych oraz wydawnictw rzadkich i dokumentów życia społecznego).
Proces digitalizacji składający się z kilku etapów - począwszy od wytypowania zasobu bibliotecznego, poprzez skanowanie, obróbkę graficzną plików, proces OCR, opracowanie i opatrzenie metadanymi aż do opublikowania obiektów cyfrowych na platformie JBC w odpowiednich kolekcjach oraz archiwizację surowych skanów i inne formy zabezpieczania materiałów bibliotecznych - przedstawiony został w wieńczącej realizację wyżej wymienionego projektu pracy zbiorowej pod redakcją Krystyny Sanetry, opublikowanej w 2013 r. pt.: Uniwersytet Jagielloński - Biblioteka Jagiellońska - Jagiellońska Biblioteka Cyfrowa : www.jbc.bj.uj.edu.pl.
Przedstawiona w niej strategia digitalizacji, założenia, procedury i rozwiązania praktyczne w większości są nadal aktualne i stosowane w codziennej pracy Biblioteki Jagiellońskiej. Jedyną istotną modyfikacją jest zmiana formatu prezentacyjnego obiektów cyfrowych. W projekcie „Jagiellońska Biblioteka Cyfrowa” do prezentacji obiektów cyfrowych został wybrany format DjVu (zaawansowana metoda segmentacji obrazu). Użyteczność formatu DjVu została sprawdzona w praktyce i był on wykorzystywany do 2014 r. Ale w 2014 r. problemy z wyświetlaniem treści dokumentów opublikowanych w formacie DjVu, wynikające z braku wsparcia dla tego formatu przez popularne przeglądarki internetowe, stały się bardzo dokuczliwe i były przyczyną dużego niezadowolenia użytkowników. W tej sytuacji, mając na celu zachowanie jak najlepszej jakości publikowanych dokumentów z jednoczesnym utrzymaniem na najwyższym poziomie dostępu użytkowników do dokumentów, podjęta została decyzja o zmianie formatu prezentacyjnego. Wybrano wówczas format PDF, ze względu na jego powszechność, popularność i wszechstronność. Każda popularna przeglądarka ma wbudowaną wtyczkę PDF, pozwalającą na przeglądanie plików w formacie PDF w Internecie bez potrzeby instalowania dodatkowego oprogramowania, a dokument otwiera się automatycznie.
Kontynuacją projektu „Jagiellońska Biblioteka Cyfrowa” był projekt „Bezpieczne i kompleksowe udostępnienie zasobów cyfrowych UJ w sieci Internet – etap I”, finansowany ze środków Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego, w którym digitalizacją objęto nie tylko zagrożone zniszczeniem zbiory Biblioteki Jagiellońskiej, ale również czasopisma z zasobu Wydziałowej Biblioteki Prawa oraz czasopisma i 1200 tytułów druków muzycznych kompozytorów polskich z XIX i pierwszej połowy XX w., wydanych w Polsce i za granicą z Biblioteki i Fonoteki Instytutu Muzykologii, ponieważ w koncepcji budowy Jagiellońskiej Biblioteki Cyfrowej od początku zakładano, że będzie ona tworzona na potrzeby wszystkich jednostek UJ. Wśród zdigitalizowanych materiałów znalazły się takie czasopisma jak: Dziennik Kijowski (lata 1906-1918), Gazeta Krakowska (lata 1794, 1796-1849), wydawane we Lwowie Gazeta Poranna i Gazeta Wieczorna (lata 1910/1911-1930), Dziennik Rozporządzeń dla Stoł. Król. Miasta Krakowa (lata 1880-1933).
Komplementarnymi działaniami mającymi na celu rozwój Jagiellońskiej Biblioteki Cyfrowej była również realizacja projektów dotowanych z Programu Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego: Digitalizacja Narodowego Zasobu w BJ, Etap I (2013) i Etap II (2015). W ramach Etapu I zdigitalizowano 308 tytułów czasopism (w 383 woluminach), w tym 5 tytułów (73 wol.) zagrożonych całkowitą degradacją: „Narodna Casopis”, „ABC. Pismo codzienne: informuje wszystkich o wszystkim”, „Dziennik Ludowy”, „Tygodnik Polityczny Gazety Warszawskiej”, „Tygodnik Polityczny Warszawskiego Dziennika Narodowego” oraz 353 jednostki zbiorów specjalnych (140 rękopisów, 140 starych druków, 36 dokumentów ikonograficznych, 37 dokumentów muzycznych). Realizując Etap II wzbogacono zasób cyfrowy JBC o 48 tytułów polskich czasopism starodrucznych XVII-XVIII w. (w 161 woluminach), 52 tytuły obcojęzycznych czasopism starodrucznych XVII-XVIII w. wydanych na ziemiach polskich (w 223 woluminach) oraz 68 tytułów polskich druków zwartych z XVIII w. (w 77 woluminach) ze zbiorów Biblioteki Jagiellońskiej, m.in.: „Monitor”, „Pamiętnik Polityczny y Historyczny”, „Dziennik Patryotycznych Polityków”, „Gazeta Warszawska”, „Gazety Śląskie”. Wśród polskich druków zwartych z XVIII w., znalazły się m.in. następujące tytuły: „Mysli Polityczne O Wolnosci Cywilney” Józefa Wybickiego, „Mysli O Krolach, o Sukcessyi, o przeszłym i przyszłym Rządzie” Wojciecha Turskiego, „Historya Luterska” Jana Poszakowskiego.
Biblioteka Jagiellońska, mając na uwadze potrzebę rozwoju bibliotecznych zasobów dla utrwalenia dorobku kulturowego i naukowego oraz dostosowania się do nowoczesnych metod udostępniania zbiorów aktywnie powiększa zasoby JBC także w ramach środków własnych. Sukcesywnie opracowywane cyfrowo i publikowane są nowe pozycje – stan zasobów cyfrowych w listopadzie 2013 roku wynosił 245 132 udostępnionych publikacji a w chwili obecnej (maj 2016 roku) wynosi 310 386 co przekłada się na wielkość 2 TB udostępnianego materiału. Na tę liczbę składają się publikacje z kategorii: czasopism, które są najliczniejsze (93% kolekcji cyfrowej), rękopisy, stare druki, muzykalia (rękopisy muzyczne, autografy kompozytorów itp.), ikonografia (malarstwo, rysunki, grafiki, ekslibrisy itp.), kartografia (mapy i atlasy) oraz dokumenty życia społecznego (afisze, nekrologii, plakaty, pocztówki, druki ulotne, programy teatralne itp.). W okresie od stycznia do kwietnia 2016 r. średniomiesięczna liczba odwiedzających Jagiellońską Bibliotekę Cyfrową wynosiła 322 199, a łączna liczba odwiedzin od dnia narodzin „młodszej siostry” Biblioteki Jagiellońskiej (19 lipca 2010 roku) do 10 maja 2016 roku wyniosła 20 052 871.